El problema de la migración ilegal ha generado mucha tensión en las relaciones entre EEUU y El Salvador. El combate contra las bandas criminales, en especial
contra la Mara Salvatrucha salvadoreña, es parte importante de la iniciativa de Trump para "restaurar la ley y el orden" en el territorio nacional. El presidente estadounidense ha acusado repetidamente al país centroamericano de no tomar providencias para impedir el flujo de migrantes a EEUU y, a finales de 2018, amenazó con dejar de brindar financiamiento a El Salvador y otras naciones centroamericanas, debido a que sus gobiernos no toman medidas para frenar las
multitudinarias caravanas que intentan llegar a EEUU para pedir asilo. La reciente ruptura de las relaciones con Taiwán (octubre 2018) y el posterior establecimiento de lazos con China por parte de El Salvador también han generado tensiones en las relaciones con EEUU.