Pero inesperadamente Moscú se negó a firmar el documento porque su contenido lo redactaron Washington y Londres. Además, la URSS criticó el documento por no especificar a favor de quién Japón renunciaría a las islas Kuriles.
A Moscú tampoco le gustó el hecho de que China, "país que asumió la mayor carga en la lucha contra los militaristas japoneses", no fuera invitada para la firma del documento. Curiosamente, a pesar de ello, en la década de los 60 China apoyó a Japón en la cuestión de las islas Kuriles.
En gran medida, la ausencia de la firma de Moscú en el tratado de San Francisco les dio a EEUU y Japón motivos para especular sobre el traspaso ilegítimo de las islas Kuriles a la URSS, y más tarde a Rusia.
Ya en la época postsoviética el 'patriarca' de la diplomacia rusa, Evgueni Primakov, expresó su pesar sobre este asunto.