L'équipage du Boreï compte près de 100 hommes, soit trente de moins que celui du Delfin. Il s'agit principalement d'officiers, d'aspirants et de contremaîtres, et de seulement cinq matelots. Il a été possible de réduire les effectifs grâce aux nouveaux systèmes et mécanismes automatisés.
Selon le capitaine de vaisseau, le sous-marin est si «intelligent» qu'il est capable de manœuvrer selon la direction et la profondeur données, ainsi que de maintenir sa vitesse en mode automatique.
«Comme un avion en pilote automatique, compare Sergueï Morozov. A mon poste, sur le poste central, est affichée toute l'information sur la situation à la surface et sous l'eau. En position émergée nous pouvons même surveiller la situation aérienne avec un radar spécial. Les informations sont transmises en temps réel au système de combat d'information et de contrôle BIUS, c'est le «cerveau» du sous-marin. L'utilisation de l'armement est également automatisée – au maximum deux personnes participent au tir de missiles, les autres postes de combat reçoivent les informations et lisent les indicateurs des appareils.»
Le commandant se trouve généralement au poste central. Quand le sous-marin remonte à la surface, il sort sur le pont et contrôle le passage dans les endroits étroits et dangereux, ainsi que le croisement avec d'autres navires en mer. Les sous-mariniers passent un quart de l'année en mer, en comptant les missions opérationnelles et les entraînements.
Le sous-marin possède une autonomie de trois mois. Sa plus longue sortie était supérieure à 60 jours, selon le commandant.