Eli Cohen blieb aber noch in Ägypten, um sein Studium abzuschließen. Es gilt, dass er sich an mehreren Verschwörungen beteiligte, deren Ziel diverse Operationen „unter falscher Flagge" waren.
Wie der israelische Premier Jitzchak Rabin schon nach dem Tod Cohens mitteilte, war er damals auf seine eigene Initiative als Untergrundkämpfer in Ägypten geblieben, um Juden bei der Repatriierung nach Israel zu helfen.
1954 erfuhr Eli Cohens Familie, dass er von den ägyptischen Behörden wegen der Beteiligung an einer terroristischen Gruppe festgenommen worden war.