وعندما تم إعلان قيام إسرائيل في عام 1949 غادرت عائلة كوهين مصر إلى إسرائيل. ولم يغادر علي كوهين مصر وقتذاك. وبعد وفاة علي كوهين، كشف إسحاق رابين، رئيس الوزراء الإسرائيلي، أن علي بقي في مصر للمساهمة في جهود تهجير اليهود إلى إسرائيل. وعلمت عائلة كوهين في عام 1954 أن السلطات المصرية اعتقلت علي بتهمة الانتماء إلى خلية إرهابية. وتم الإفراج عنه لعدم توفر ما يثبت مشاركته في أعمال الخلية. ثم تم ترحيله ضمن آلاف اليهود الآخرين إلى إسرائيل